מדבר יהודה הוא מדבר מקומי שנוצר בשל התנאים הגיאוגרפיים של מיקומו. העננים בישראל נעים לרוב ממערב למזרח, מהים לכיוון ירדן. מעל הים התיכון העננים צוברים אדי מים שבעלייה להרי ירושלים, כאשר האוויר מתקרר הם מורידים גשם. הם ממשיכים מזרחה ואז יורדים במצוק ההעתקים (המצוק המזרחי של הרי ירושלים) – ואין להם כבר אדי מים (כי הם רק הרגע הורידו גשם). ואז למעשה לא יורד גשם באזור הזה. העננים ממשיכים מזרחה ומתמלאים באדים מים המלח ובעלייה להרי מואב, כשהאוויר מתקרר הם שוב מורידים גשם. ברצועה שבין מצוק ההעתקים שלנו לבין הרי מואב במדינת ירדן – לא יורד כמעט גשם, פחות מ- 200 מ"מ בשנה וזה מה שהופך את מדבר יהודה למדבר. אנחנו קוראים לזה מדבר בצל גשם.